Danganronpa si svolge in una scuola d'elite chiamata Accademia vetta della Speranza (希望 ヶ 峰 学園 Kibōgamine Gakuen?), che accetta i talentuosi "Super High School Level" (超高 校级 Cho-Koko-kyu?) studenti di altissimo livello in vari settori ogni anno, insieme a uno "studente fortunato" nella media che viene selezionato da una lotteria. Makoto Naegi, uno studente abbastanza ottimista , viene scelto come uno di questi studenti. Tuttavia, quando Makoto arriva al di fuori dei cancelli dell'Accademia, perde coscienza e si sveglia all'interno della scuola, dove incontra altri quattordici 'Super High School' studenti delle scuole superiori , che si trovano nella sua stessa situazione E 'lì che un sadico orso, in bianco e nero di nome Monokuma appare davanti a loro, dicendo loro che verranno imprigionati in accademia per il resto della loro vita.